export

本サイトは，ox-hugoで書いてHugo用のMarkdownをexportすることにより作成しているが，前回の記事（How to plot survival curve of competing risk analysis with censoring mark and number at risk (at risk table)）を書いている際に，Rでplotしたgraphを記事の中に自動ではめ込むよう設定するのに苦労したので，これも忘れないうちにまとめておく．まず，今回はorg-babelの設定について書き，次回にHugoでの設定をまとめる． Table of Contents Org-babel setup How to use org-babel Org-babel evaluation of R code block Org-babel setup org-babelとは，う～～～ん，なにもの？　ものすごく端折って言うと，Code blockを評価して結果を表示するorg-modeの拡張，といったところだろうか．．．実例を見たほうが早いと思う．今回，org-babelによる R code の評価について書こうとして，ふと，ブログを見直してみると，なんとorg-babelの設定をまとめた記事を投稿してない …..(^^;;; ということで，org-babelの設定を改めて記しておく．例によって，init.orgに以下のように書き込んでおけばよい． Ref: Org-babel Setup　ここからコピペ (^^;;; #+begin_src emacs-lisp (org-babel-do-load-languages (quote org-babel-load-languages) (quote ((emacs-lisp . t) (dot . t) (ditaa . t) (R . t) (python . t) (ruby .

org-modeで文書を書いてhtmlにexportすると，素のままでは，なんの愛想もない．特にいくつかの項目をまとめた要約などを並べていくときは，side columnなどがあって，すぐに行きたいところに飛べるようになっていると嬉しい．ということで，今回はorg-modeをhtmlにexportするときのthemeがテーマである．．．．． とにかく，たくさんのthemesが存在する．まずは以下のサイトをチェック，というか以下を読めばこのブログは読まなくても良いような．．．(^^;;; org-modeのHTMLテーマ org-modeのHTMLテーマ第2弾 How to export Org mode files into awesome HTML in 2 minutes org-spec 私のお気に入りは，ReadTheOrg（上記の1, 3にある）とorg-spec（上記の4）である． Table of Contents ReadTheOrg org-spec ReadTheOrg これはRead the Docsで使われているthemeのcloneである．一番簡単な使い方は，3にあるようにsetup fileをorg fileのpreambleに書いておくことである． #+SETUPFILE: https://fniessen.github.io/org-html-themes/setup/theme-readtheorg.setup あるいは，3からOrg-HTML themes projectをダウンロードしてきて解凍しローカルの"setup file"へのパスを書き込めば，ネットの接続に依存せずにexportできるようになる．たとえば，/Hoge/Fuga/org-html-themes-master/setup/theme-readtheorg.setupに設定ファイルがあるとすると以下のようにすれば良い． #+SETUPFILE: /Hoge/Fuga/org-html-themes-master/setup/theme-readtheorg.setup 以下に研究会で発表するスライド原稿を作る下準備として，実際に10個の論文をまとめたorg fileの一部を掲示しておく．左に論文のタイトルが並び，見ている論文の小見出しが自動的に展開される．subheadの色も設定されており，読みやすい．デザインもプロっぽい印象である．書いた内容にかかわらず，なんとなく賢くなったような気分になれる（笑）． org-spec An Org-mode template for technical specification documents and HTML publishing. とのことで，技術よりのthemeである．特徴としては，Ditaa, Graphviz & PlantUMLなどによりテキストベースで図が書ける．表に対応，自動的にアップデートするフィールド，PDF生成にも対応，コードブロックの基本的なsyntax highlightingなどがある．実際の例としてhttps://demo.thi.ng/org-spec/がある． こちらの使い方は少しだけ面倒である．リンク先からorg-specをダウンロードして解凍する．ここで，style.cssが/Hoge/Fuga/org-spec-master/css/style.cssに保存されたとする．ダウンロードして来たファイルに含まれているindex.orgに全て書いてあるので，それを真似てorg fileのpreambleに次のように書いておく． #+HTML_HEAD: <link href="http://fonts.googleapis.com/css?family=Roboto+Slab:400,700|Inconsolata:400,700" rel="stylesheet" type="text/css" /> #+HTML_HEAD: <link href="/Hoge/Fuga/org-spec-master/css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" /> #+AUTHOR: taipapa #+EMAIL: your@mail.

学会発表や論文作成にあたっては，当然のことながら，その分野の他の研究者の論文を読んでまとめるなどの作業を行う．そこで，論文の要旨などをorg-modeにざっとまとめておくと，pdfにもhtmlにもtextにもexport出来て便利である．pdfは印刷に向いているが，htmlは多くの論文をいっぺんに見るのに向いており，また，compileの時間もpdfより圧倒的に速い．また，色を変えたり，ハイライトしたりするのもhtmlなら容易である．そこで，今回は，org-modeからhtmlへexportする際の有用な小技について書いてみたい． Org Macros フォントの色を変更する方法はいろいろあるが，ハイライトや背景の色の変更までできるこの Org Macrosが一番便利である．内容は，org-modeの便利なマクロ集である．リンク先からダウンロードして，適当なところに保存し，解凍しておく．ここでは，/Users/taipapa/hoge/fuga/org-macros.setupに置くことにする．使い方は簡単で上記のwebsiteに書いてあるとおり，各org fileの先頭に以下のように記述してorg-macros.setupの場所を教えてやれば良い． #+INCLUDE: /Users/taipapa/hoge/fuga/org-macros.setup これだけである． 注意事項としては，このブログはox-hugoで書いているが，ox-hugoの場合は文書の先頭に上記を書いても効かない．各ポストのpropertyのあとに書いておけば効く．各ポストごとに設定するようになっているらしい．．．．．（全国15人？ぐらいの人にしか意味のない注意書きである） 上記に関しては，ox-hugoの作者であるKaushal Modi氏から以下のような指摘を頂いた．（12月19日追記） Can you try using #+setupfile instead of #+include? As an example, here is my blog Org source that I export using ox-hugo ( https://gitlab.com/kaushalm… ), and here is the setup file tha t I “include” using the more appropriate #+setupfile ( https://gitlab.com/kaushalm… ). As you see, I use a lot of Org macros, and they all work in my “one post per subtree” flow.

医学系の多くのジャーナルでは，論文投稿の際のフォーマットを Microsoft Word と指定しているところが多い．．．．． いま，一瞬，憤りのあまり意識を失いかけたが，気を取り直して続ける．実際のところ，仕事でもしばしばword文書を要求される．イチからwordで文書を書くのはやりたくないわけで，ふと，org-modeからexportできないかと調べてみた．やはり，同じようなことを考える人はいるもので，エライ人はそれを実現させるべく色々な方法を開発していた．それらの中から，自分で試してみてうまく行った方法をまとめておく．使用するのは， pandoc とそれをorg−modeから利用するための ox-pandoc である． Table of Contents ox-pandoc 文書の中で実際に引用された論文のみからなる文献リストを生成する方法 reftex-create-bibtex-file bibexport pandocのための設定 Citation Style Language (CSL)の設定 英語論文の場合のorg fileの設定 英語論文のWord fileのexport org-modeからWord fileへのexportの方法 日本語論文の場合のorg fileの設定 org-modeからWord fileへのexportの方法 Word file の濁点分離を修正する方法 Pythonの導入 docx-normarize-nfcの導入 濁点分離の修正 ox-pandoc 参照サイト1：本家　ox-pandoc 参照サイト2：ox-pandoc - org-mode + org-ref to docx with bibliographies 参照サイト3：もっと本家　Pandoc a universal document converter pandoc自体の説明は略．ご存知，フォーマット変換のスイスアーミーナイフ． ox-pandocは，pandocを介してorg-mode fileを様々なフォーマットに変換する新しいexporterであり，40種ものフォーマットに変換できる． pandoc 2.0 (or later version)と，bibliography featureを使うならpandoc-citeproc 0.3 (or later)が必要なので，homebrewでインストールする． $ brew install pandoc $ brew install pandoc-citeproc init.