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How to automatically embed R plot into html exported by org-mode with org-babel

本サイトは,ox-hugoで書いてHugo用のMarkdownをexportすることにより作成しているが,前回の記事(How to plot survival curve of competing risk analysis with censoring mark and number at risk (at risk table))を書いている際に,Rでplotしたgraphを記事の中に自動ではめ込むよう設定するのに苦労したので,これも忘れないうちにまとめておく.まず,今回はorg-babelの設定について書き,次回にHugoでの設定をまとめる. Table of Contents Org-babel setup How to use org-babel Org-babel evaluation of R code block Org-babel setup org-babelとは,う~~~ん,なにもの? ものすごく端折って言うと,Code blockを評価して結果を表示するorg-modeの拡張,といったところだろうか...実例を見たほうが早いと思う.今回,org-babelによる R code の評価について書こうとして,ふと,ブログを見直してみると,なんとorg-babelの設定をまとめた記事を投稿してない …..(^^;;; ということで,org-babelの設定を改めて記しておく.例によって,init.orgに以下のように書き込んでおけばよい. Ref: Org-babel Setup ここからコピペ (^^;;; #+begin_src emacs-lisp (org-babel-do-load-languages (quote org-babel-load-languages) (quote ((emacs-lisp . t) (dot . t) (ditaa . t) (R .

Org-modeでhtml exportの際のthemeについて

org-modeで文書を書いてhtmlにexportすると,素のままでは,なんの愛想もない.特にいくつかの項目をまとめた要約などを並べていくときは,side columnなどがあって,すぐに行きたいところに飛べるようになっていると嬉しい.ということで,今回はorg-modeをhtmlにexportするときのthemeがテーマである..... とにかく,たくさんのthemesが存在する.まずは以下のサイトをチェック,というか以下を読めばこのブログは読まなくても良いような...(^^;;; org-modeのHTMLテーマ org-modeのHTMLテーマ第2弾 How to export Org mode files into awesome HTML in 2 minutes org-spec 私のお気に入りは,ReadTheOrg(上記の1, 3にある)とorg-spec(上記の4)である. Table of Contents ReadTheOrg これはRead the Docsで使われているthemeのcloneである.一番簡単な使い方は,3にあるようにsetup fileをorg fileのpreambleに書いておくことである. #+SETUPFILE: https://fniessen.github.io/org-html-themes/setup/theme-readtheorg.setup あるいは,3からOrg-HTML themes projectをダウンロードしてきて解凍しローカルの"setup file"へのパスを書き込めば,ネットの接続に依存せずにexportできるようになる.たとえば,/Hoge/Fuga/org-html-themes-master/setup/theme-readtheorg.setupに設定ファイルがあるとすると以下のようにすれば良い. #+SETUPFILE: /Hoge/Fuga/org-html-themes-master/setup/theme-readtheorg.setup 以下に研究会で発表するスライド原稿を作る下準備として,実際に10個の論文をまとめたorg fileの一部を掲示しておく.左に論文のタイトルが並び,見ている論文の小見出しが自動的に展開される.subheadの色も設定されており,読みやすい.デザインもプロっぽい印象である.書いた内容にかかわらず,なんとなく賢くなったような気分になれる(笑). org-spec An Org-mode template for technical specification documents and HTML publishing. とのことで,技術よりのthemeである.特徴としては,Ditaa, Graphviz & PlantUMLなどによりテキストベースで図が書ける.表に対応,自動的にアップデートするフィールド,PDF生成にも対応,コードブロックの基本的なsyntax highlightingなどがある.実際の例としてhttps://demo.thi.ng/org-spec/がある. こちらの使い方は少しだけ面倒である.リンク先からorg-specをダウンロードして解凍する.ここで,style.cssが/Hoge/Fuga/org-spec-master/css/style.cssに保存されたとする.ダウンロードして来たファイルに含まれているindex.orgに全て書いてあるので,それを真似てorg fileのpreambleに次のように書いておく. #+HTML_HEAD: <link href="http://fonts.googleapis.com/css?family=Roboto+Slab:400,700|Inconsolata:400,700" rel="stylesheet" type="text/css" /> #+HTML_HEAD: <link href="/Hoge/Fuga/org-spec-master/css/style.

Emacsのorg-modeで論文を書く(その5:htmlへのexportの際のフォントの色の変更,ハイライトなど)(2018年12月19日追記)(2020年1月12日追記)

学会発表や論文作成にあたっては,当然のことながら,その分野の他の研究者の論文を読んでまとめるなどの作業を行う.そこで,論文の要旨などをorg-modeにざっとまとめておくと,pdfにもhtmlにもtextにもexport出来て便利である.pdfは印刷に向いているが,htmlは多くの論文をいっぺんに見るのに向いており,また,compileの時間もpdfより圧倒的に速い.また,色を変えたり,ハイライトしたりするのもhtmlなら容易である.そこで,今回は,org-modeからhtmlへexportする際の有用な小技について書いてみたい. Org Macros フォントの色を変更する方法はいろいろあるが,ハイライトや背景の色の変更までできるこの Org Macrosが一番便利である.内容は,org-modeの便利なマクロ集である.リンク先からダウンロードして,適当なところに保存し,解凍しておく.ここでは,/Users/taipapa/hoge/fuga/org-macros.setupに置くことにする.使い方は簡単で上記のwebsiteに書いてあるとおり,各org fileの先頭に以下のように記述してorg-macros.setupの場所を教えてやれば良い. #+INCLUDE: /Users/taipapa/hoge/fuga/org-macros.setup これだけである. 注意事項としては,このブログはox-hugoで書いているが,ox-hugoの場合は文書の先頭に上記を書いても効かない.各ポストのpropertyのあとに書いておけば効く.各ポストごとに設定するようになっているらしい.....(全国15人?ぐらいの人にしか意味のない注意書きである) 上記に関しては,ox-hugoの作者であるKaushal Modi氏から以下のような指摘を頂いた.(12月19日追記) Can you try using #+setupfile instead of #+include? As an example, here is my blog Org source that I export using ox-hugo ( https://gitlab.com/kaushalm… ), and here is the setup file tha t I “include” using the more appropriate #+setupfile ( https://gitlab.com/kaushalm… ). As you see, I use a lot of Org macros, and they all work in my “one post per subtree” flow.

Emacsのorg-modeで論文を書く(その4:pandocを利用してorg-modeからword [docx]を文献付きでexportする)

医学系の多くのジャーナルでは,論文投稿の際のフォーマットを Microsoft Word と指定しているところが多い..... いま,一瞬,憤りのあまり意識を失いかけたが,気を取り直して続ける.実際のところ,仕事でもしばしばword文書を要求される.イチからwordで文書を書くのはやりたくないわけで,ふと,org-modeからexportできないかと調べてみた.やはり,同じようなことを考える人はいるもので,エライ人はそれを実現させるべく色々な方法を開発していた.それらの中から,自分で試してみてうまく行った方法をまとめておく.使用するのは, pandoc とそれをorg−modeから利用するための ox-pandoc である. Table of Contents ox-pandoc 参照サイト1:本家 ox-pandoc 参照サイト2:ox-pandoc - org-mode + org-ref to docx with bibliographies 参照サイト3:もっと本家 Pandoc a universal document converter pandoc自体の説明は略.ご存知,フォーマット変換のスイスアーミーナイフ. ox-pandocは,pandocを介してorg-mode fileを様々なフォーマットに変換する新しいexporterであり,40種ものフォーマットに変換できる. pandoc 2.0 (or later version)と,bibliography featureを使うならpandoc-citeproc 0.3 (or later)が必要なので,homebrewでインストールする. $ brew install pandoc $ brew install pandoc-citeproc init.orgには以下のように書き込んで,ox-pandocをインストールし,設定する.use-packageを使うと両方がいっぺんにできて便利である. #+begin_src emacs-lisp (use-package ox-pandoc :ensure t :config ;; default options for all output formats (setq org-pandoc-options '((standalone .