org-mode

（承前）前回（How to automatically embed R plot into html exported by org-mode with org-babel）はorg-babelを設定して，Rで描いたグラフを自動でhtmlやpdfに挿入するところまでまとめた．繰り返しになるが，本サイトは，ox-hugoで書いてHugo用のMarkdownをexportすることにより作成している．前々回の記事（How to plot survival curve of competing risk analysis with censoring mark and number at risk (at risk table)）を書いている際に，Rでplotしたgraphをブログ記事の中に自動ではめ込むよう設定するのに苦労した．前回でorg-babelの設定は終わっているので，今回は，Hugoやox-hugoの設定に関してまとめ，ブログ記事へのR plotの自動挿入ができるようにする． Table of Contents References Configuration of Hugo section Setup of HUGO_SECTION & HUGO_BASE_DIR in ox-hugo References to files outside the static directory References HUGO Hugo is one of the most popular open-source static site generators. With its amazing speed and flexibility, Hugo makes building websites fun again.

本サイトは，ox-hugoで書いてHugo用のMarkdownをexportすることにより作成しているが，前回の記事（How to plot survival curve of competing risk analysis with censoring mark and number at risk (at risk table)）を書いている際に，Rでplotしたgraphを記事の中に自動ではめ込むよう設定するのに苦労したので，これも忘れないうちにまとめておく．まず，今回はorg-babelの設定について書き，次回にHugoでの設定をまとめる． Table of Contents Org-babel setup How to use org-babel Org-babel evaluation of R code block Org-babel setup org-babelとは，う～～～ん，なにもの？　ものすごく端折って言うと，Code blockを評価して結果を表示するorg-modeの拡張，といったところだろうか．．．実例を見たほうが早いと思う．今回，org-babelによる R code の評価について書こうとして，ふと，ブログを見直してみると，なんとorg-babelの設定をまとめた記事を投稿してない …..(^^;;; ということで，org-babelの設定を改めて記しておく．例によって，init.orgに以下のように書き込んでおけばよい． Ref: Org-babel Setup　ここからコピペ (^^;;; #+begin_src emacs-lisp (org-babel-do-load-languages (quote org-babel-load-languages) (quote ((emacs-lisp . t) (dot . t) (ditaa . t) (R . t) (python . t) (ruby .

Emacsで長い行を書いていると，デフォルトの状態ではどんどん横に伸びていく．後で読み返そうと思うと横にスクロールしないといけなくて，非常に不便である．M-qでauro-fillをやればよいと言われそうだが，そうすると改行されてしまい，これまた不便である．そこで，なんとかならないかと探してみると，ちゃんとそういうモノがあったので，まとめておく． Table of Contents adaptive-wrap インストールと設定 実際の使用例 adaptive-wrap 参照1：adaptive-wrap　ご本家 参照2：Correct indentation for wrapped lines 参照3：Emacsの折り返しの挙動 参照4：.emacs settings loading issue　長い行をワープロのようにword-wrapしてくれるパッケージである．Emacsのバッファ上では折り返されているように見えるが，実際は長い横1行のままである． インストールと設定 例によって，use-packagを用いて以下のように，init.orgに書けばよい． #+begin_src emacs-lisp (use-package adaptive-wrap :ensure t :config (setq-default adaptive-wrap-extra-indent 1) (add-hook 'visual-line-mode-hook #'adaptive-wrap-prefix-mode) (global-visual-line-mode +1) (add-hook 'org-mode-hook 'visual-line-mode) ;; For org macros ) #+end_src なお，最後の行を入れておかないと，org-mode fileに #+setupfile: /Sources/org-mode-folder/org-macros-master/org-macros.setup を追加してマクロのパッケージを使用する場合（Emacsのorg-modeで論文を書く（その5：htmlへのexportの際のフォントの色の変更，ハイライトなど）（12月19日追記）を参照のこと）に，adaptive-wrapが効かなくなる． 実際の使用例 adaptive-wrapをインストールしていない場合が上図，インストールして設定すれば下図のように見える．あくまで，Emacsの画面上でword-wrapしているように見えるだけで，実際のファイルではなが～い横１行のままの状態が維持されている． これも一度使い始めると，無くてはならないモノとなるパッケージである．

org-modeで文書を書いていてhtmlにexportする際は，C-e h oとするわけだが，段々とこれが面倒になってくることがある．そこで，ネットを探ってみると，やはり，なんでも載ってるredditにhtml exportを自動化する関数の記事があった． Table of Contents toggle-org-html-export-on-save directoryの内容が変更されると，自動でhtmlを再読込する． 使用方法 toggle-org-html-export-on-save 情報元：How to auto export html when saving in org-mode? 例によって，下記のようにinit.orgに書き込めばよい． #+begin_src emacs-lisp (defun toggle-org-html-export-on-save () (interactive) (if (memq 'org-html-export-to-html after-save-hook) (progn (remove-hook 'after-save-hook 'org-html-export-to-html t) (message "Disabled org html export on save for current buffer...")) (add-hook 'after-save-hook 'org-html-export-to-html nil t) (message "Enabled org html export on save for current buffer..."))) #+end_src これで，toggle-org-html-export-on-saveで，htmlを自動で出力するかどうかを切り替え可能となる．しかし，これだけでは，org文書を保存するたびにブラウザーを手動でreloadしないといけなくなり，面倒である．自動でreloadしてくれるコマンドがあれば便利である．探してみると，これもネットに転がっていた． directoryの内容が変更されると，自動でhtmlを再読込する． 情報元：Watch for file changes and refresh your browser automatically 上記サイトに有るrubyのスクリプトが使えそうなので，頂いた． rubyのインストールについては，以下のようなサイトを参考 MacにHomeBrew,rbenv,bundlerをインストールする Ruby入門 01.