世はゴールデンウィークまっただ中である．完全な10連休ではないが，それなりに長い休みとなるので，この機会に，ようやく Sierraから Mojave にupgradeすることにした．ついでにEmacsも26.1から 26.2にupgradeした．今回は，このupgradeの際に遭遇したトラブルについてまとめる．
Table of Contents Upgrade to Mojave from Sierra Upgrade to Xcode 10.2.1 Upgrade to Emacs 26.2 from 26.1 LaTeX pdfにフォントが埋め込まれているかどうかを確認する方法 感想 Upgrade to Mojave from Sierra Ref: macOS Mojave にアップグレードする方法
結論から言うと，拍子抜けするぐらい簡単であった．AppStoreで適当にクリックするとすぐにMojaveがダウンロードされて，インストーラーが起動した．これをクリックしてインストールを始めると，此処から先は完全自動状態で，ひたすら待った．というか，違うことをしていた．何回も再起動していたようだが，実際には1時間ぐらいで終了したような気がする．手間いらずであった．R, Rstudio, ImageJ, Emacs, LaTeXが動いて画像編集，動画編集ができれば，とりあえず文句はないので，まずそのあたりをチェックしてみると，R, Rstudio, ImageJ, 画像編集，動画編集は問題なく動いた．EmacsとLaTeXについては以下に述べる．
Upgrade to Xcode 10.2.1 早速brewでemacsをupgradeしようとしたのだが，xcodeが古いと叱られたので，まず，xcodeをApp Storeからupgradeした．そして brew install すると以下のようなエラーが出る．
$ brew install hogehoge ......... xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun これは，「macOS を Mojave にあげた後に Homebrew を使うとエラーが出る問題」にあるようにcommand line developer toolsを再インストールすれば直る．同サイトに詳細が記載されている．
Rとは，オープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けのプログラミング言語及びその開発実行環境である（Wikipediaより）．org-modeと同じくらい必要不可欠なRではあるが，定期的にupdateする必要がある．いや，まぁ，したほうが良い，というか，しないと新しいパッケージが試せなかったりするので，しないではいられない．しかし，updateすると，たいていどこかでハマる．そこで，今回は，ハマったときの対処法を自分のためにまとめておくことにする．ハマるのはbioconductorの方が多いような気がする．ちなみに当方の環境は，MacBook Pro (15-inch, Late 2016) macOS Sierra 10.12.6である．先日もRを3.5.1にupdateしてハマったばかりである…..(^^;;;
gccのリンク絡みのトラブル 大体は以下で直ることが多い（r has dependency on gcc@6, but only lists gcc (which has updated to 7) #5587）
$ brew link --overwrite gcc XMLが入らない XMLを入れるのが目的ではなく，なにか別のパッケージをインストールしようとして，それがXMLに依存しており，XMLを入れようとしてハマることが多いと思う．エラーメッセージは，configure: error: “libxml not found”である．しかし，homebrewで，brew listしてみると，libxml2はインストールされている．このあたりは，Installing R package XML on MacOS 10.13.6と同じである．対処法は，同サイトや引用元のCannot install XML package in rにある通り，以下のようにコンパイラーに正しいxml2-configの場所を教えてやれば良い．
Sys.setenv(XML_CONFIG = "/usr/local/Cellar/libxml2/2.9.7/bin/xml2-config") なお，上記を入力するのはRのコンソールである．通常のterminalにexportで入力しても効かないので注意すること！（これでどれだけ時間を無駄にしたことか．．．(ToT)）
Cairoなどのインストール時に，#include <X11/Xlib.h> でハマる． ‘X11/Xlib.h’ file not found, #include <X11/Xlib.h> のようなエラーが出てコンパイルできないことがある（例えば，“Cairo” packageなど）．要するにXlib.hの在り処が分からんということである．mdfind（Mac版のlocate）で探してみると，以下のような結果が得られる．
$ mdfind -name Xlib.h | grep X11 /opt/X11/include/cairo/cairo-xlib.h /opt/X11/include/X11/Xlib.
なにはともあれ，まずはEmacsのインストールから．様々な方法があるが，Mac userなので，ここではHomebrewを使ってサクッとインストール．Homebrew自体のインストールはそちらのサイトを参照．
Emacsで日本語を書いてると，M-xしたときに面倒なことになるので，Imput Method Editor (IME)用のパッチを当てる．既にパッチの当たっているYAMAMOTO Mitsuharu版のMac Port用のemacs-macがよい．railwaycatさんがHomebrewでインストールできるようにしてくれているので，これを使わせていただく（Emacs Mac Port）．ありがたい．
$ brew tap railwaycat/emacsmacport $ brew install emacs-mac --with-modern-icon --with-imagemagick $ ln -s /usr/local/opt/emacs-mac/Emacs.app /Applications –with-modern-iconを指定すると、新しいアイコンになる。 なお，他のoptionは以下のように打てば分かる． $ brew tap railwaycat/emacsmacport $ brew info emacs-mac