Rとは，オープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けのプログラミング言語及びその開発実行環境である（Wikipediaより）．org-modeと同じくらい必要不可欠なRではあるが，定期的にupdateする必要がある．いや，まぁ，したほうが良い，というか，しないと新しいパッケージが試せなかったりするので，しないではいられない．しかし，updateすると，たいていどこかでハマる．そこで，今回は，ハマったときの対処法を自分のためにまとめておくことにする．ハマるのはbioconductorの方が多いような気がする．ちなみに当方の環境は，MacBook Pro (15-inch, Late 2016) macOS Sierra 10.12.6である．先日もRを3.5.1にupdateしてハマったばかりである…..(^^;;;
gccのリンク絡みのトラブル
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大体は以下で直ることが多い（r has dependency on gcc@6, but only lists gcc (which has updated to 7) #5587）
$ brew link --overwrite gcc
XMLが入らない
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XMLを入れるのが目的ではなく，なにか別のパッケージをインストールしようとして，それがXMLに依存しており，XMLを入れようとしてハマることが多いと思う．エラーメッセージは，configure: error: “libxml not found”である．しかし，homebrewで，brew listしてみると，libxml2はインストールされている．このあたりは，Installing R package XML on MacOS 10.13.6と同じである．対処法は，同サイトや引用元のCannot install XML package in rにある通り，以下のようにコンパイラーに正しいxml2-configの場所を教えてやれば良い．
Sys.setenv(XML_CONFIG = "/usr/local/Cellar/libxml2/2.9.7/bin/xml2-config")なお，上記を入力するのはRのコンソールである．通常のterminalにexportで入力しても効かないので注意すること！（これでどれだけ時間を無駄にしたことか．．．(ToT)）
Cairoなどのインストール時に，#include <X11/Xlib.h> でハマる．
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‘X11/Xlib.h’ file not found, #include <X11/Xlib.h> のようなエラーが出てコンパイルできないことがある（例えば，“Cairo” packageなど）．要するにXlib.hの在り処が分からんということである．mdfind（Mac版のlocate）で探してみると，以下のような結果が得られる．
$ mdfind -name Xlib.h | grep X11 /opt/X11/include/cairo/cairo-xlib.h /opt/X11/include/X11/Xlib.h /System/Library/Frameworks/Tk.framework/Versions/8.4/Headers/X11/Xlib.h /System/Library/Frameworks/Tk.framework/Versions/8.5/Headers/X11/Xlib.h /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/System/Library/Frameworks/Tk.framework/Versions/8.5/Headers/X11/Xlib.hそこで，目的のXlib.hは，/opt/X11/include/X11/Xlib.hと分かるので，include directoryにこれを含めるように指示すれば良い．これも，前項と同じく，Rのコンソールに入力すること！（これでどれだけ．．．以下同文）
Sys.setenv(C_INCLUDE_PATH = "/opt/X11/include")これで，コンパイルできるようになるはずである．
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どこにX11/Xlib.hが入っているかは，インストールの仕方により色々であろうから，場所を確認してから上記の操作を行うようにする．
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なお，ネットのあちこちに，Xquartzをdowngradeすればコンパイルできる，みたいなことが書いてあったが，あれはなんなのだろうか．．．？
rsvgのインストール時に，xcb-shm.pcがないと怒られる．
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こんな感じである．
> biocLite("rsvg") ................................... Package xcb-shm was not found in the pkg-config search path. Perhaps you should add the directory containing `xcb-shm.pc' to the PKG_CONFIG_PATH environment variable Package 'xcb-shm', required by 'cairo', not found Found INCLUDE_DIR and/or LIB_DIR! Using PKG_CFLAGS=-I/usr/local/Cellar/librsvg/2.40.20/lib/pkgconfig/librsvg-2.0.pc Using PKG_LIBS=-L/usr/local/Cellar/librsvg/2.40.20/lib/pkgconfig -lrsvg ------------------------- ANTICONF ERROR --------------------------- Configuration failed because librsvg-2.0 was not found. Try installing: * deb: librsvg2-dev (Debian, Ubuntu, etc) * rpm: librsvg2-devel (Fedora, EPEL) * csw: librsvg_dev, sunx11_devel (Solaris) * brew: librsvg (OSX) If librsvg-2.0 is already installed, check that 'pkg-config' is in your PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a librsvg-2.0.pc file. If pkg-config is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via: R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...' -------------------------------------------------------------------- ERROR: configuration failed for package ‘rsvg’ * removing ‘/usr/local/Cellar/r/3.5.1/lib/R/library/rsvg’ The downloaded source packages are in ‘/private/var/folders/rq/hj_634613dbfzs41djqt52y80000gn/T/RtmpzsGqp0/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages in '.Library' Making 'packages.html' ... done 警告メッセージ: install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) で: installation of package ‘rsvg’ had non-zero exit status -
要するに，xcb-shm.pcのあるディレクトリをPKG＿CONFIG＿DIRに追加しろと言ってるので，xcb-shm.pcがどこにあるかをmdfindで探してから，言われるとおり追加する．
$ mdfind -name xcb-shm.pc /opt/X11/lib/pkgconfig/cairo-xcb-shm.pc /opt/X11/lib/pkgconfig/xcb-shm.pc /usr/local/Cellar/cairo/1.14.8/lib/pkgconfig/cairo-xcb-shm.pc /usr/local/Cellar/cairo/1.14.10/lib/pkgconfig/cairo-xcb-shm.pc /usr/local/Cellar/cairo/1.14.12/lib/pkgconfig/cairo-xcb-shm.pc -
上記のように，/opt/X11/lib/pkgconfig/xcb-shm.pcとなっているので，これを追加する．このときも上述のごとく，RのコンソールでSys.setenvを使う．
> Sys.setenv(PKG_CONFIG_PATH = "/opt/X11/lib/pkgconfig") -
これで，rsvgはうまくコンパイルされる．
今回はいきなりのRネタになってしまった．
