How to automatically embed R plot into html exported by org-mode with org-babel

本サイトは，ox-hugoで書いてHugo用のMarkdownをexportすることにより作成しているが，前回の記事（How to plot survival curve of competing risk analysis with censoring mark and number at risk (at risk table)）を書いている際に，Rでplotしたgraphを記事の中に自動ではめ込むよう設定するのに苦労したので，これも忘れないうちにまとめておく．まず，今回はorg-babelの設定について書き，次回にHugoでの設定をまとめる．

Org-babel setup

org-babelとは，う～～～ん，なにもの？　ものすごく端折って言うと，Code blockを評価して結果を表示するorg-modeの拡張，といったところだろうか．．．実例を見たほうが早いと思う．今回，org-babelによる R code の評価について書こうとして，ふと，ブログを見直してみると，なんとorg-babelの設定をまとめた記事を投稿してない …..(^^;;;

ということで，org-babelの設定を改めて記しておく．例によって，init.orgに以下のように書き込んでおけばよい．

Ref: Org-babel Setup　ここからコピペ (^^;;;

#+begin_src emacs-lisp
(org-babel-do-load-languages
 (quote org-babel-load-languages)
 (quote ((emacs-lisp . t)
         (dot . t)
         (ditaa . t)
         (R . t)
         (python . t)
         (ruby . t)
         (gnuplot . t)
         (clojure . t)
         (shell . t)
         (ledger . t)
         (org . t)
         (plantuml . t)
         (latex . t))))
#+end_src

How to use org-babel

以下のサイトを参考にした．

Ref 1: Official manual 14 Working with Source Code

Ref 2: org-modeのコードブロック(Babel)の使い方
このサイトが分かりやすい．特に， ヘッダー引数 と 言語毎の書き方 の R の項は必読．

Org-babel evaluation of R code block

R and Emacs with org mode
org-babelによるR codeの評価とhtmlへのgraph plotの自動埋め込みは，このサイトが分かりやすい．ここに有る”Using org mode with R”というサンプルを参考に，以下のようなorgファイルを/Data/hogehoge/hogefugaに作成する．

#+TITLE: R-test
#+AUTHOR: taipapa

* Test

  #+begin_src R :session *R* :results output graphics :file test1.png :exports both
  boxplot(islands)
  #+end_src

  #+begin_src R :session *R* :results output graphics :file test2.png :exports both
  library("ggplot2")
  ggplot(iris, aes(x = Sepal.Width, y = Sepal.Length, color = Species)) +
  geom_point()
  #+END_SRC

C-c C-e h oとしてhtmlにexportすると，以下のように簡単にグラフがプロットされたhtmlが作成される．いちいちできたグラフ画像を挿入する必要はなく，自動で挿入される．便利である．

　　注意点としては，C-c C-e hoとしたときに， R starting project directory？ と尋ねられるはずで，defaultの値として　/Data/hogehoge/hogefuga/ が既に表示されているはずである．これをそのままリターンすれば同じdirectoryにグラフが作成されて良きにはからってくれる．この際に異なるdirectoryを選んだりするとうまくいかないので注意．

また，C-c C-e loとすると，自動でR plotの挿入されたpdfが作成されオープンする．

これで準備が整った．次回はHugoで作成したブログにR plotを自動で差し込む方法をまとめる予定である．