世はゴールデンウィークまっただ中である．完全な10連休ではないが，それなりに長い休みとなるので，この機会に，ようやく Sierraから Mojave にupgradeすることにした．ついでにEmacsも26.1から 26.2にupgradeした．今回は，このupgradeの際に遭遇したトラブルについてまとめる．
Upgrade to Mojave from Sierra
Ref: macOS Mojave にアップグレードする方法
結論から言うと，拍子抜けするぐらい簡単であった．AppStoreで適当にクリックするとすぐにMojaveがダウンロードされて，インストーラーが起動した．これをクリックしてインストールを始めると，此処から先は完全自動状態で，ひたすら待った．というか，違うことをしていた．何回も再起動していたようだが，実際には1時間ぐらいで終了したような気がする．手間いらずであった．R, Rstudio, ImageJ, Emacs, LaTeXが動いて画像編集，動画編集ができれば，とりあえず文句はないので，まずそのあたりをチェックしてみると，R, Rstudio, ImageJ, 画像編集，動画編集は問題なく動いた．EmacsとLaTeXについては以下に述べる．
Upgrade to Xcode 10.2.1
早速brewでemacsをupgradeしようとしたのだが，xcodeが古いと叱られたので，まず，xcodeをApp Storeからupgradeした．そして brew install すると以下のようなエラーが出る．
$ brew install hogehoge
.........
xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
これは，「macOS を Mojave にあげた後に Homebrew を使うとエラーが出る問題」にあるようにcommand line developer toolsを再インストールすれば直る．同サイトに詳細が記載されている．
xcode-select --install
さぁ，これでようやくと思って，再度 brew install すると，またもエラーである…..(ToT)
$ brew install hogehoge
..........
Error: parent directory is world writable but not sticky
Please report this bug:
https://docs.brew.sh/Troubleshooting
調べてみるとpermissionの問題で，tmp directoryの状態を調べれば良いことがわかった．
Ref 1: brew で `Error: parent directory is world writable but not sticky`
Ref 2: Error: parent directory is world writable but not sticky
上記サイトの記載に従って，ls -ld /tmpを行うと以下のようになる．
$ ls -ld /tmp
lrwxr-xr-x@ 1 root wheel 11 4 27 18:45 /tmp@ -> private/tmp
これは，tmp directoryはprivate/tmpを使用しているということであり，以下のようにしてpermissionを付与する．
$ sudo chmod +t /private/tmp
私の場合はこれでbrewが働くようになった．これらの操作は，今後のmajor upgradeの際にはまた必要になりそうなので，ここにまとめておく．
Upgrade to Emacs 26.2 from 26.1
ようやくEmacsのupgradeである．mojaveにupgradeした直後にemacs26.1を起動してみるとキーが効かなかったような気がするが，26.2にupgradeするので，気にせず先に進んだ…..(^^;;; 以前の記事（Emacsのインストール）に書いたようにhomebrewでemacs-macを入れればよいのだが，念の為に単なるupgradeは避けて，Emacs 26.1をuninstallし，~/.emac.dも退避させてから，インストールし直すことにした．Emacs Mac Portの最終更新はわずか2週間前でありいろいろな問題が解決されていると期待してのupgradeである．
$ cd
$ mv .emacs.d .emac.d.old # change name of old .emacs.d
$ brew tap railwaycat/emacsmacport
$ brew uninstall emacs-mac # uninstall old emacs-mac
$ brew install emacs-mac --with-modern-icon --with-imagemagick # install new emacs-mac
$ ln -s /usr/local/opt/emacs-mac/Emacs.app /Applications
これで，
/usr/local/Cellar/emacs-mac/emacs-26.1-z-mac-7.1 (4,009 files, 114.6MB)
から
/usr/local/Cellar/emacs-mac/emacs-26.2-z-mac-7.6 (4,010 files, 114.8MB)
へのupgradeが終了した．
あとは，以前に書いた以下の記事に従ってセットアップした．
Emacsの設定（その1）Preludeの導入（2018年10月9日修正）
Emacsの設定（その2）設定ファイル（init.el）をorg-modeで管理する
Emacsの設定（その3）ようやくinit.orgの記述: 日本語の設定，inline-patchの設定など
LaTeX
これについては，以前の記事「LaTeXをインストールし，texファイルが変更されると，自動的にcompileしてskimでのpdfも自動で更新されるようにする（2018年9月1日追記）」で書いたとおり MacTeX 2018 のままである．正確に言うと，mojaveにupgradeする直前に以下のようにして最新版にアップデートしておいた．
$ sudo tlmgr update --self --all
400個ぐらいのパッケージのアップデートに30-40分を要した．
ヒラギノフォントの埋め込み についても上述の記事に書いたように，既に，bibunsho7-patchを適応済みなので，問題ないと考えた．
mojaveにupgradeしてから，latexmkによるcompileやorg-modeからのlatex exportなどを試してみたが，pdfの生成に特に問題なく，また，pdfへのヒラギノフォントの埋め込みも問題なくできていた．
pdfにフォントが埋め込まれているかどうかを確認する方法
-
Ref: PDFのフォント埋め込み
-
以下のようにhomebrewでpopplerをインストールすれば，その中の pdffonts というコマンドを使って確認することができる．このpopplerは以前の記事（Emacsでpdfを読む (pdf-tools)）で既にインストールしているが，もう一度書いておく．
$ brew install poppler -
たとえば，latexで生成したhogehoge.pdfのフォントの埋め込みを調べるためには，pdffontsを以下のように使う． emb の項目で埋め込みの有無がわかる．
$ pdffonts hogehoge.pdf name type encoding emb sub ------------------------------------ ----------------- ---------------- --- --- KQKHHV+LMSans10-Bold Type 1C Custom yes yes JQHYHW+LMRoman17-Regular Type 1C Custom yes yes FENZQQ+HiraMinProN-W3-Identity-H CID Type 0C Identity-H yes yes ZHPQAJ+LMRoman12-Regular Type 1C Custom yes yes BMLTDB+HiraKakuProN-W6-Identity-H CID Type 0C Identity-H yes yes NOWECW+LMRoman12-Regular Type 1C Custom yes yes SIHLPZ+LMRoman8-Regular Type 1C Custom yes yes -
確かに，すべてのフォントは emb = yes になっており，埋め込まれているのが確認できた．
感想
ネットでは，いろいろ問題ありとの情報が多く様子見をしていたのだが，待ってる間に色々と解決した部分も多いのか，ほとんど大きなトラブルもなくアップグレードできた．なお， Time Machine によるバックアップも問題なくできている．「案ずるより産むが易し」であった．
