How to automatically embed R plot in blog created by Hugo via ox-hugo

（承前）前回（How to automatically embed R plot into html exported by org-mode with org-babel）はorg-babelを設定して，Rで描いたグラフを自動でhtmlやpdfに挿入するところまでまとめた．繰り返しになるが，本サイトは，ox-hugoで書いてHugo用のMarkdownをexportすることにより作成している．前々回の記事（How to plot survival curve of competing risk analysis with censoring mark and number at risk (at risk table)）を書いている際に，Rでplotしたgraphをブログ記事の中に自動ではめ込むよう設定するのに苦労した．前回でorg-babelの設定は終わっているので，今回は，Hugoやox-hugoの設定に関してまとめ，ブログ記事へのR plotの自動挿入ができるようにする．

References

• HUGO
  Hugo is one of the most popular open-source static site generators. With its amazing speed and flexibility, Hugo makes building websites fun again. Hugoのsetupについてはネットに山のように情報があるので，そちらを参照（手抜き）(^^;;;

• ox-hugo
  ox-hugo is an Org exporter backend that exports Org to Hugo-compatible Markdown (Blackfriday) and also generates the front-matter (in TOML or YAML format).

  要するに，Markdownを直接書くのではなく，org-modeで書いてしまおうというもので，私のようなorg-mode maniacにピッタリのパッケージである．ox-hugoのsetupについてもネットに山のように情報があるので，そちらを参照（手抜き）(^^;;;

Configuration of Hugo section

Ref: Org-mode で記事を書いて Hugo 向け markdown を ox-hugo で自動生成する話

そもそも，まず，Hugoのディレクトリ・ファイルの構成を把握する必要があった．本サイトは，/hogehoge/hogeblog/hogefugablog/hogefugablog.org に書き込んでおり，directory/file構成は以下の通りである．上記参考サイトと同じく，/hogehoge/hogeblog/hogefugablog/，つまり，Hugo の content/ と同じ階層に hogefugablog.org ファイルを置いている．なお，themeは academic を使用している．また，ox-hugoのdirectoryは今回の作業により新たに作成されたものであり，当初はなかった．

$ tree -L 2
.
├── config.toml
├── content
│   ├── home
│   ├── post
│   └── privacy.md
├── data
│   └── 6F
├── hogefugablog.org
├── layouts
│   ├── js
│   ├── partials
│   └── search
├── static
│   ├── css
│   ├── files
│   ├── img
│   └── ox-hugo
└── themes
    └── academic

Setup of HUGO_SECTION & HUGO_BASE_DIR in ox-hugo

Ref: Before you export

本サイトでは，HUGO_SECTIONは特に設定しておらず，C-h v org-hugo-default-section-directoryの値は default valueであるpostsになっている．

また，hogefugablog.orgの文頭に以下のように記述して，HUGO_BASE_DIRを設定している．

#+HUGO_BASE_DIR: ./

ここまでで，ox-hugoからのexportの準備が整った．

References to files outside the static directory

Ref: References to files outside the static directory

Hugoのstatic directory以外の場所にあるファイルへのreferenceを作成し，かつ，そのファイルが org-hugo-external-file-extensions-allowed-for-copying のリストに挙げられている拡張子を有している場合は，そのファイルはox-hugoによりstatic directoryにコピーされる．ちなみに，C-h v org-hugo-external-file-extensions-allowed-for-copyingとすると，以下のような値を得る．

org-hugo-external-file-extensions-allowed-for-copying is a variable defined in ‘ox-hugo.el’.
Its value is
("jpg" "jpeg" "tiff" "png" "svg" "gif" "pdf" "odt" "doc" "ppt" "xls" "docx" "pptx" "xlsx")

Source path does not contain /static/
このサイトの Table 2: Where files get copied to if their path does not contain static/ が本サイトに当てはまる．これが分かるまでに時間を要した．本サイトは，/hogehoge/hogeblog/hogefugablog/hogefugablog.orgに書き込んでいる．この環境で，postの中にorg-babelを使ってRのcode blockを評価すると，Rにより作成されるplot（foo.png）は，

/hogehoge/hogeblog/hogefugablog/foo.png

に作成される．そして，このファイルは，最終的に，

/hogehoge/hogeblog/hogefugablog/static/ox-hugo/foo.png

にコピーされ，ブログ記事に挿入されるということになる．なお，ox-hugo directoryはこの時に自動的に作成される．

つまり，前回の記事（How to automatically embed R plot into html exported by org-mode with org-babel）のように，R plotのcode blockを含むorg ファイルを作成し，それをexportして，R plotが自動で組み込まれるようなら，そのorg-babelのcode blockをそのままox-hugoで書いたブログ記事のorg ファイルにコピペすれば，あとはox-hugoが良きにはからってくれるはずである．

実は，できたグラフの画像を自分でいろいろな場所にコピーしては失敗していた．Hugoのroot directory，つまり，/hogehoge/hogeblog/hogefugablog/でRを動かして，できたグラフ画像に対して何もせずに放置しておけば，ox-hugoが全て面倒を見てくれるということに気がつかず，余計なことをしていたわけである．

まとめとして，前回記事のcode blockをこの記事に挿入して試してみる．

#+begin_src R :session *R* :results output graphics :file test1.png :exports both
boxplot(islands)
#+end_src

#+begin_src R :session *R* :results output graphics :file test2.png :exports both
library("ggplot2")
ggplot(iris, aes(x = Sepal.Width, y = Sepal.Length, color = Species)) +
geom_point()
#+END_SRC

ちゃんとグラフが自動的に挿入されている．

org-babelとRの組み合わせは強力で，ox-hugoも便利と改めて痛感．