またまたRネタである．グラフに注釈をつけたくなることがあるが，なかなか見映えのする注釈をつけるのは難しい．最近，それなりの方法を見つけたので，まとめておく．例として，代謝経路の変化を縦型の折れ線グラフで描きKEGG orthologyによって分類したグラフを作成してみる．うーむ，自分で書いていてなんだが，マニアックなネタである．．．(^^;;;
今回もRネタである．論文の図を作成していて，ggplot2のfacetを使用して作成した図の中のfacet毎に異なる有意差を示す群を線分で結んで，その上にasteriskを色を変えてつけようとしたところ，結構苦労したので忘れないうちにまとめておく．annotate()というのもあるが，これだとすべてのfacetに同じ内容が入ってしまう．今回の目的であるfacetによって異なる内容の注釈を入れるためには，geom_segmentやgeom_textを使う．
Table of Contents References Data Preparation Tukey multiple comparison TukeyHSD テューキーの方法による多重比較 Boxplot by ggplot2 Calculate mean and SE geom_jitter geom_point Add mean bar Add segment and asterisk to Drug2 facet of boxplot Dataframe for annotation Add segment with geom_segment and asterisk with geom_text (black) Add segment with geom_segment and asterisk with geom_text (color) Barplot by ggplot2 Barplot Add segment and asterisk to Drug2 facet of barplot Dataframe for annotation Add segment with geom_segment and asterisk with geom_text (color) Combine boxplot and barplot into the same graphic References ggplot2を使って、注釈を入れる-2 Adding different annotation to each facet in ggplot Add a segment only to one facet using ggplot2 Data Preparation まず，架空のデータを作成する．Drug1とDrug2を投与して１日後と７日後の物質Xの血中濃度変化を対照，つまり投与前と比較するという実験において，Drug1では差がなく，Drug2では差があるという結果にする．
（承前）前回（How to automatically embed R plot into html exported by org-mode with org-babel）はorg-babelを設定して，Rで描いたグラフを自動でhtmlやpdfに挿入するところまでまとめた．繰り返しになるが，本サイトは，ox-hugoで書いてHugo用のMarkdownをexportすることにより作成している．前々回の記事（How to plot survival curve of competing risk analysis with censoring mark and number at risk (at risk table)）を書いている際に，Rでplotしたgraphをブログ記事の中に自動ではめ込むよう設定するのに苦労した．前回でorg-babelの設定は終わっているので，今回は，Hugoやox-hugoの設定に関してまとめ，ブログ記事へのR plotの自動挿入ができるようにする．
Table of Contents References Configuration of Hugo section Setup of HUGO_SECTION & HUGO_BASE_DIR in ox-hugo References to files outside the static directory References HUGO Hugo is one of the most popular open-source static site generators. With its amazing speed and flexibility, Hugo makes building websites fun again.
本サイトは，ox-hugoで書いてHugo用のMarkdownをexportすることにより作成しているが，前回の記事（How to plot survival curve of competing risk analysis with censoring mark and number at risk (at risk table)）を書いている際に，Rでplotしたgraphを記事の中に自動ではめ込むよう設定するのに苦労したので，これも忘れないうちにまとめておく．まず，今回はorg-babelの設定について書き，次回にHugoでの設定をまとめる．
Table of Contents Org-babel setup How to use org-babel Org-babel evaluation of R code block Org-babel setup org-babelとは，う～～～ん，なにもの？ ものすごく端折って言うと，Code blockを評価して結果を表示するorg-modeの拡張，といったところだろうか．．．実例を見たほうが早いと思う．今回，org-babelによる R code の評価について書こうとして，ふと，ブログを見直してみると，なんとorg-babelの設定をまとめた記事を投稿してない …..(^^;;;
ということで，org-babelの設定を改めて記しておく．例によって，init.orgに以下のように書き込んでおけばよい．
Ref: Org-babel Setup ここからコピペ (^^;;;
#+begin_src emacs-lisp (org-babel-do-load-languages (quote org-babel-load-languages) (quote ((emacs-lisp . t) (dot . t) (ditaa . t) (R . t) (python . t) (ruby .
Rを用いて生存分析を行う際に， Kaplan-Meier curve に打ち切りのマークを入れたり，number at risk (at risk table)を併記する方法はすぐに見つかるが（Drawing survival curves in R, ggkm, Survival plots have never been so informative），competing riskのplotの場合はあまり情報がない．prodlimを使えば簡単なので，まとめておく．
なお， competing risk については以下を参照．
Competing risk analysis using R: an easy guide for clinicians Regression modeling of competing risk using R: an in depth guide for clinicians Competing risk analysisのデモ A not so short review on survival analysis in R Table of Contents Prepare dataset “Melanoma” from “riskRegression” package Competing risk analysis with cuminc of “cmprsk” package Competing risk analysis with prodlim Days Years Plot survival curve of competing risk analysis with prodlim (default) Plot survival curve of competing risk analysis with prodlim (modified) Prepare dataset “Melanoma” from “riskRegression” package library(riskRegression) data(Melanoma) head(Melanoma) summary(Melanoma) time status event invasion ici epicel ulcer 1 10 2 death.
Rとは，オープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けのプログラミング言語及びその開発実行環境である（Wikipediaより）．org-modeと同じくらい必要不可欠なRではあるが，定期的にupdateする必要がある．いや，まぁ，したほうが良い，というか，しないと新しいパッケージが試せなかったりするので，しないではいられない．しかし，updateすると，たいていどこかでハマる．そこで，今回は，ハマったときの対処法を自分のためにまとめておくことにする．ハマるのはbioconductorの方が多いような気がする．ちなみに当方の環境は，MacBook Pro (15-inch, Late 2016) macOS Sierra 10.12.6である．先日もRを3.5.1にupdateしてハマったばかりである…..(^^;;;
gccのリンク絡みのトラブル 大体は以下で直ることが多い（r has dependency on gcc@6, but only lists gcc (which has updated to 7) #5587）
$ brew link --overwrite gcc XMLが入らない XMLを入れるのが目的ではなく，なにか別のパッケージをインストールしようとして，それがXMLに依存しており，XMLを入れようとしてハマることが多いと思う．エラーメッセージは，configure: error: “libxml not found”である．しかし，homebrewで，brew listしてみると，libxml2はインストールされている．このあたりは，Installing R package XML on MacOS 10.13.6と同じである．対処法は，同サイトや引用元のCannot install XML package in rにある通り，以下のようにコンパイラーに正しいxml2-configの場所を教えてやれば良い．
Sys.setenv(XML_CONFIG = "/usr/local/Cellar/libxml2/2.9.7/bin/xml2-config") なお，上記を入力するのはRのコンソールである．通常のterminalにexportで入力しても効かないので注意すること！（これでどれだけ時間を無駄にしたことか．．．(ToT)）
Cairoなどのインストール時に，#include <X11/Xlib.h> でハマる． ‘X11/Xlib.h’ file not found, #include <X11/Xlib.h> のようなエラーが出てコンパイルできないことがある（例えば，“Cairo” packageなど）．要するにXlib.hの在り処が分からんということである．mdfind（Mac版のlocate）で探してみると，以下のような結果が得られる．
$ mdfind -name Xlib.h | grep X11 /opt/X11/include/cairo/cairo-xlib.h /opt/X11/include/X11/Xlib.